Ban quản lý các KCX-KCN thành phố Hồ Chí Minh phối hợp cùng các Sở – Ban – Ngành liên quan quyết tâm đẩy nhanh tiến độ thực hiện thủ tục đầu tư đối với các Dự án trên để sớm đưa vào hoạt động một cách có hiệu quả nhất. Tất nhiên, để triển khai các Dự án này không thể tránh khỏi những thách thức lớn. Từ thực tiễn phát triển KCX, KCN thành phố HCM nổi lên các vấn đề cần quan tâm đó là chưa tuân thủ Quy hoạch, là sự phát triển chưa đồng bộ do quá trình tự thân vận động của từng KCX – KCN mà không liên kết được với nhau, là vấn đề chuyển dịch cơ cấu, là ô nhiễm môi trường, là sự quản lý chưa thống nhất về một mối ... Để tránh giẫm lên vết xe đổ, cần phải có một cái nhìn thật sự tổng quát trong đó việc chỉ đạo và quan tâm sâu sát của Chính phủ, từ các Bộ và Ủy ban nhân dân thành phố đóng vai trò quyết định. 
 
Năm 2009, hy vọng rằng với quyết tâm và kinh nghiệm rút ra từ quá trình quản lý gần 20 năm kể từ ngày đầu thành lập. Ban quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp sẽ hoàn thành tốt nhất nhiệm vụ được giao, đưa việc quản lý các KCX – KCN mà đặc biệt là đối với các Dự án Khu công nghiệp mới lên một tầm cao mới, nâng cao được sự đóng góp về giá trị tăng trưởng công nghiệp xứng đáng với vai trò của một thành phố trong vùng kinh tế trọng điểm của khu vực.