Phân xưởng quan trọng nhất của Nhà máy Lọc dầu Dung Quất-phân xưởng cracking xúc tác RFCC (Residue Fruid Continous Cracking - phân xưởng cracking xúc tác tầng xôi liên tục), phân xưởng quan trọng nhất, quyết định chế độ vận hành của Nhà máy và là phân xưởng mở đầu đóng vai trò bản lề để bắt đầu giai đoạn vận hành sản xuất toàn nhà máy ở 100% công suất vào ngày 25/8 tới dược chính thức đưa vào vận hành.
Tính đến ngày 24/6/2009, phân xưởng đã bắt đầu đi vào vận hành ổn định ở 70% công suất và đã sản xuất được LPG, xăng, dầu LCO (nguyên liệu để phối trộn dầu Diesel) và dầu DCO (nguyên liệu để phối trộn dầu FO). Hiện lượng sản phẩm sản xuất ra từ RFCC đạt trung bình 90 m3 LPG/giờ và 270 m3 xăng/giờ.
Cùng với phân xưởng RFCC, phân xưởng chưng cất dầu thô (CDU) cũng đã vận hành ổn định ở công suất 70%, sản phẩm của phân xưởng đạt tiêu chuẩn chất lượng và được lưu trữ trong các bể chứa trung gian, sẵn sàng phối trộn sản xuất sản phẩm thương mại. Ngoài ra, đến ngày 25/6, các phân xưởng sản xuất xăng của UOP (P/x U-012: NHT và U-013: CCR) đã hoàn tất tuần hoàn nóng và sẽ đưa vào chế độ vận hành bình thường.
Theo kế hoạch, đến cuối tháng 6 này, nhà máy sẽ sản xuất các sản phẩm thương mại để bán ra thị trường, bao gồm: LPG, Xăng A92 không chì, Kerosene/Jet A1, Dầu Diesel (DO).