Hiện tại, cảng Vũng Rô chỉ có một cầu tàu dài 78,1m, rộng 19m. Với quy mô như thế, cảng chỉ có thể tiếp nhận tàu dưới 3.000DWT và một bến liền bờ dài 200m dùng để làm nơi neo đậu tàu cá có công suất đến 135CV.

 Theo báo cáo nghiên cứu khả thi điều chỉnh dự án đầu tư xây dựng cảng do Công ty Tư vấn xây dựng công trình hàng hải lập, được UBND tỉnh Phú Yên phê duyệt, năng lực hàng hóa thông qua cảng đạt 250.000 tấn/năm, thời gian khai thác đạt công năng thiết kế cầu cảng hơn 7 năm. Thế nhưng, sau khi cầu cảng Vũng Rô được Cục Hàng hải Việt Nam cho phép đưa vào khai thác chưa được 5 năm thì cảng Vũng Rô đã bị quá tải.

Năm 2008, sản lượng hàng hóa thông qua cảng đạt trên 272.000 tấn; 6 tháng đầu năm 2009 đạt 194.000 tấn, ước cả năm có thể đạt 300.000 tấn. Theo Công ty TNHH một thành viên Cảng Vũng Rô, với tình hình tăng trưởng như hiện nay, cảng Vũng Rô tiếp tục thu hút thêm nhiều tàu hàng trong nước vào cập cảng.

Dự báo cả năm 2010, cảng sẽ đạt sản lượng 350.000 tấn hàng hóa các loại. Liên tiếp nhiều tháng nay, cảng Vũng Rô luôn trong tình trạng quá tải, mặc dù Công ty TNHH một thành viên Cảng Vũng Rô đã chủ động đầu tư thêm thiết bị, bố trí sản xuất hợp lý. Hiện mỗi ngày, cầu cảng Vũng Rô có bốn tàu cập cảng làm hàng, còn trong khu neo đậu thường xuyên có 5-6 tàu chờ đến lượt cập cảng.

Tình trạng quá tải của cảng Vũng Rô đã gây nhiều phiền toái cho các chủ tàu, chủ hàng khi mất nhiều thời gian chờ đợi. Ông Nguyễn Minh, Giám đốc Công ty TNHH một thành viên Cảng Vũng Rô cho biết trong giai đoạn 1 từ năm 2010 đến 2012, doanh nghiệp này sẽ tiến hành nâng cấp khu vực bến liền bờ thành một cầu cảng mới có chiều dài 160m, có thể tiếp nhận cùng một lúc ba tàu dưới 1.500DWT với sản lượng hàng hóa khai thác đạt 250.000 tấn/năm.

Giai đoạn 2 từ năm 2012 đến 2015, cầu cảng hiện nay sẽ được nối dài thêm từ 40 đến 50m để có thể tiếp nhận tàu đến 5.000DWT. Như vậy, sau khi nâng cấp, cảng Vũng Rô có thể đạt sản lượng 1 triệu tấn hàng hóa/năm. Cũng theo ông Nguyễn Minh, việc đầu tư nâng cao năng lực cảng Vũng Rô là cần thiết nhưng việc triển khai thực hiện dự án được cân nhắc, tính toán kỹ lưỡng nhằm tận dụng điều kiện tự nhiên thuận lợi, khai thác tối đa cầu cảng hiện có, đồng thời không để xảy ra gián đoạn sản xuất. Dự kiến, tổng vốn đầu tư nâng cấp cảng Vũng Rô khoảng 54,4 tỉ đồng từ nhiều nguồn vốn khác nhau.