Công ty CP U&ME cho biết cùng một mặt hàng nhập khẩu nhưng đơn vị này bị áp thuế VAT 10%, trong khi có một số nhà nhập khẩu khác chỉ phải chịu 5%. Tương tự tại Công ty TNHH cơ khí Duy Khanh, cũng cùng một mặt hàng nhưng khi làm thủ tục hải quan và khai thuế, doanh nghiệp lại bị áp hai mã HS khác nhau dẫn đến hai mức thuế cũng khác nhau. Khi làm thủ tục hải quan, mức thuế là 0% nhưng khi khai thuế mã HS mới mà cán bộ hải quan áp dụng lại chịu mức thuế suất thuế nhập khẩu là 26% và VAT là 5%.

Theo ông Nguyễn Trọng Hùng - phó cục trưởng Cục Hải quan TP.HCM, do hiện có nhiều công nghệ mới, vật liệu mới... nên việc áp mã hàng hóa khó khăn và phức tạp. Trường hợp cùng một mặt hàng nhưng lại áp hai mức thuế VAT khác nhau, ông Hùng lý giải là do việc áp mã HS. Do đó, khi gặp phải những vướng mắc tương tự như trên, doanh nghiệp nên hợp tác với hải quan để đơn vị này kiểm tra lại, áp mức thuế hợp lý nhất.