Theo Quyết định số 103/2009/QĐ-TTg ngày 12.8.2009 của Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn được xác định là 1 trong 10 Cục Hải quan trọng điểm của cả nước được lựa chọn đầu tư để cải cách và hiện đại hóa. Đây cũng là đơn vị có cửa khẩu đường bộ đầu tiên được lựa chọn triển khai mở rộng thí điểm thủ tục hải quan điện tử.

Nhằm đáp ứng nhu cầu hoạt động xuất nhập khẩu qua địa bàn do Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn quản lý (bao gồm Lạng Sơn và Bắc Giang) đang gia tăng rất nhanh, từ đầu năm 2008, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn đã chủ động xây dựng đề án cải cách và phát triển hiện đại hoá Hải quan Lạng Sơn giai đoạn 2008-2010, tầm nhìn 2020.
 
Kim ngạch và số thu thuế XNK trên địa bàn đơn vị quản lý từ năm 2006 trở lại đây liên tục tăng. Trung bình hàng năm, Hải quan Lạng Sơn làm thủ tục cho trên dưới 100.000 bộ tờ khai hàng hoá XNK. Riêng năm 2009, kim ngạch XNK qua địa bàn hai tỉnh Lạng Sơn và Bắc Giang đạt 1.777 triệu USD, số thu nộp ngân sách năm 2009 là 1.817 tỉ đồng.

Ngày 8.1.2010, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn đã chính thức khai trương áp dụng thủ tục hải quan điện tử tại 3 Chi cục Hải quan là: Chi cục Hải quan cửa khẩu Hữu Nghị, Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế ga Đồng Đăng và Chi cục Hải quan quản lý các khu công nghiệp tỉnh Bắc Giang.

Trước mắt, thủ tục này sẽ áp dụng cho việc quản lý các loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu, loại hình kinh doanh với tỷ trọng kim ngạch xuất nhập khẩu hiện chiếm khoảng 20-30%. Việc triển khai gồm hai giai đoạn.

Trong giai đoạn 1, từ năm 2009 đến 2010, sẽ có khoảng 25 đến 30 doanh nghiệp tham gia, trong đó phải là các doanh nghiệp có quá trình chấp hành tốt pháp luật về hải quan, có số lượng tờ khai hải quan, kim ngạch xuất nhập khẩu, số thu nộp ngân sách hàng năm tương đối lớn và có hệ thống trang thiết bị máy vi tính, đường truyền nối mạng ổn định.

Theo kế hoạch, sau khi đánh giá sơ kết giai đoạn 1, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn sẽ tiến hành giai đoạn 2, bắt đầu từ năm 2011 và các năm tiếp theo, với mục tiêu mở rộng ra cho tất cả các Chi cục Hải quan trực thuộc.

Để chuẩn bị cho thực hiện thủ tục hải quan điện tử, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn đã triển khai đồng bộ 6 chương trình cải cách, hiện đại hoá, trong đó có đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ công tác quản lý điều hành. Đặc biệt, từ cuối năm 2008, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn triển khai khai hải quan từ xa với tỷ lệ khoảng 98% tổng số tờ khai và kim ngạch XNK qua Lạng Sơn và Bắc Giang.

Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn cũng đã chủ động triển khai một số giải pháp hỗ trợ khác như thành lập Trung tâm Dữ liệu và CNTT để quản lý các hệ thống đường truyền, thực hiện phương pháp quản lý hải quan hiện đại, chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm, đẩy mạnh công tác kiểm tra sau thông quan, áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro trong quy trình thủ tục hải quan nhằm tạo nền tảng vững chắc cho việc thực hiện thủ tục hải quan điện tử.