Theo điều tra mới nhất của Bộ Khoa học & Công nghệ, trên cả nước hiện có khoảng 1.200 tổ chức khoa học và công nghệ, với khoảng 600 tỷ đồng ngân sách hàng năm. Đầu tư toàn xã hội cho khoa học và công nghệ ở mức rất thấp, chỉ khoảng 5 USD (năm 2007), với nguồn đầu tư chủ yếu là từ ngân sách nhà nước. Trong khi đó, tại Trung Quốc là khoảng 20 USD (năm 2004) và Hàn Quốc khoảng 1000 USD (2007).

Tính riêng nguồn đầu tư cho khoa học công nghệ từ ngân sách nhà nước cũng chỉ chiếm khoảng 2% tổng chi ngân sách, khoảng 0,5-0,6% GDP.Trong khi đó, tỷ trọng đầu tư của doanh nghiệp chưa đến 0,1% GDP. Hầu hết doanh nghiệp vẫn ở quy mô nhỏ và siêu nhỏ, chưa có điều kiện đầu tư cho khoa học và công nghệ. Việc huy động các nguồn lực từ khối kinh tế tư nhân vào phát triển khoa học công nghệ còn rất hạn chế. Theo nhận định của Bộ trưởng Bộ Khoa học & Công nghệ, Hoàng Văn Phong, hiện nay tỷ lệ đầu tư cho khoa học và công nghệ từ ngân sách nhà nước so với khu vực ngoài nhà nước khoảng 5:1, trong khi tại Trung Quốc tỷ lệ này là 1:3 

Khảo sát 630 doanh nghiệp thuộc mọi loại hình sản xuất kinh doanh do Phòng Thương mại Công nghiệp Việt Nam thực hiện năm 2009 còn cho thấy rõ hơn thực trạng đổi mới công nghệ tại các doanh nghiệp. Mặc dù trong giai đoạn 2006-2008, có tới 67,8% doanh nghiệp được khảo sát đưa ra được sản phẩm mới hoặc có cải tiến đáng kể và có 57,3% doanh nghiệp đưa ra dịch vụ mới hoặc có cải tiến, nhưng phần lớn sự đổi mới này được tiến hành bởi chính doanh nghiệp. Trong khi đó, tỉ lệ doanh nghiệp hợp tác với các công ty hoặc viện nghiên cứu nước ngoài cũng như trong nước cũng chỉ lần lượt dừng lại ở các con số: 2,8%, 6,6% (lĩnh vực hàng hóa) và 7,4%, 9,6% (lĩnh vực dịch vụ).

Một khảo sát khác do Sở Khoa học và Công nghệ Tp. Hồ Chí Minh tiến hành gần đây nhằm đánh giá trình độ khoa học công nghệ của 630 doanh nghiệp trong và ngoài nước kinh doanh trên địa bàn thành phố cũng khẳng định, các doanh nghiệp còn rất nhiều hạn chế trong đổi mới công nghệ. Tỷ lệ doanh nghiệp đạt mức độ tự động hóa hoàn toàn chỉ chiếm 25%, bán tự động chiếm 60%, 15% còn lại chỉ ở mức độ thủ công cơ khí. Phần lớn thiết bị công nghệ có xuất xứ từ Trung Quốc, rất ít từ Mỹ, Nhật và các nước châu Âu.

Rõ ràng đang tồn tại một khoảng cách rất xa giữa việc ứng dụng và chuyển giao, phổ biến công nghệ tại Việt Nam. Thực trạng này kéo dài sẽ là cản trở lớn cho sự phát triển và tăng cường năng lực cạnh tranh của các doanh nghiệp Việt Nam nói chung và các doanh nghiệp tư nhân nói riêng.

Nhằm động viên doanh nghiệp tích cực đầu tư cho khoa học công nghệ, thời gian gần đây, Nhà nước đã ban hành một số chính sách ưu đãi mới. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp của Quốc hội thông qua ngày 3/6/2008, tại Điều 17 quy định: “Doanh nghiệp được thành lập, hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam được trích tối đa 10% thu nhập tính thuế hàng năm để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp”.

Luật Công nghệ cao đã được Quốc hội thông qua ngày 13/11/2008, tạo hành lang pháp lý cho sự phát triển của khoa học công nghệ Việt Nam. Luật này đã xác định những lĩnh vực được tập trung đầu tư phát triển bao gồm: công nghệ thông tin, sinh học, vật liệu mới, tự động hóa. Nhà nước cũng dành chính sách ưu đãi cho các tổ chức, cá nhân nghiên cứu và phát triển về công nghệ cao, được hưởng mức ưu đãi cao nhất về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân, thuế giá trị gia tăng, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Ngoài ra, còn được tài trợ, hỗ trợ từ các quỹ, nguồn kinh phí khác dành cho nghiên cứu và phát triển, chuyển giao công nghệ. Chủ đầu tư dự án xây dựng cơ sở nghiên cứu, ứng dụng công nghệ cao được giao đất không thu tiền sử dụng đất, miễn giảm thuế sử dụng đất…

Những chính sách kể trên được nhà quản lý hi vọng sẽ tạo đà cho việc nghiên cứu, phát triển ứng dụng và đổi mới khoa học công nghệ tại các doanh nghiệp Việt Nam. Tuy nhiên, vẫn còn ý kiến lo ngại rằng, hi vọng sẽ khó thành hiện thực nếu các chính sách chỉ nằm trên bàn giấy mà không thực sự đi vào đời sống doanh nghiệp.