Theo đó, BQLKKT là cơ quan trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Tây Ninh thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế và khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Tây Ninh theo quy định của pháp luật; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong khu vực này. Ban quản lý chịu sự chỉ đạo và quản lý về tổ chức, biên chế, chương trình, kế hoạch công tác, kinh phí hoạt động của Uỷ ban nhân dân tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của bộ quản lý ngành, lĩnh vực có liên quan. Ngoài ra, Ban quản lý cũng có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh Tây Ninh trong công tác quản lý Khu kinh tế.

Ban quản lý có tư cách pháp nhân, tài khoản và con dấu mang hình Quốc huy. Kinh phí quản lý hành chính Nhà nước, kinh phí hoạt động sự nghiệp và vốn đầu tư phát triển do ngân sách nhà nước cấp theo kế hoạch hằng năm.

Dự thảo đề án sáp nhập nêu rõ: Trước mắt tạm thời giữ nguyên tổng biên chế hành chính sự nghiệp năm 2010 đã giao cho Ban Quản lý các Khu Công nghiệp tỉnh Tây Ninh, Ban Quản lý Khu Kinh tế cửa khẩu Mộc Bài và Ban Quản lý Khu Kinh tế cửa khẩu Xa Mát. Sau khi ổn định tổ chức bộ máy sẽ xem xét điều chỉnh biên chế của BQLKKT cho phù hợp, bảo đảm đủ khả năng tham mưu, tổng hợp, đáp ứng yêu cầu quản lý Nhà nước đối với Khu kinh tế cửa khẩu và các khu công nghiệp của tỉnh.

Dự kiến, sau khi có quyết định thành lập của Thủ tướng Chính phủ, trong quý III năm 2010, Chủ tịch UBND tỉnh sẽ quyết định bổ nhiệm Trưởng ban, các Phó Trưởng ban Ban Quản lý và ban hành Quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý để đi vào hoạt động chính thức ngay từ đầu quý IV năm 2010./.