KCN Phú Bài được xây dựng từ năm 2000, nhiều năm tiếp theo đó, bảo vệ môi trường luôn là vấn đề nóng bỏng nhất ở đây, vì thiếu hệ thống xử lý nước thải. Đáng lý ra, theo quy định về bảo vệ môi trường đối với các khu công nghiệp thì khi xây dựng các cơ sở sản xuất phải đồng thời với việc xây dựng hệ thống thu gom, xử lý nước thải công nghiệp và khu xử lý chất thải công nghiệp. Nhưng do thiếu kiểm tra, giám sát và xử lý đồng bộ của các cơ quan chức năng, nên nhiều năm sau đó KCN Phú Bài vẫn chưa có hệ thống xử lý nước thải, nước thải có lúc được xả thẳng ra sông Phú Bài, ảnh hưởng đến chất lượng cuộc sống của người dân quanh vùng.

Được xây dựng từ năm 2006, và đưa vào sử dụng từ năm 2010, hệ thống xử lý nước thải tại KCN Phú Bài có tổng kinh phí đầu tư hơn 35 tỷ đồng, công suất xử lý nước thải 4.000 m3/ngày đêm; đảm bảo xử lý nước thải sau sản xuất cho các doanh nghiệp trong KCN. Hệ thống có quy mô lớn, quy trình xử lý hiện đại nên đã giải quyết cơ bản tình trạng ô nhiễm môi trường tại chỗ.

Từ đầu năm 2010 đến nay, KCN Phú Bài thu hút thêm 2 dự án đầu tư bao gồm: Dự án sản xuất tả giấy các loại, khăn ướt, giấy vệ sinh (của Công ty TNHH Thương mại và dịch vụ Tai Sun Việt Nam), với tổng nguồn vốn đầu tư 70 tỷ đồng, diện tích đất thuê 3,5 ha. Dự án chế biến titan do Công ty TNHH MTV Khoáng sản và Đầu tư Khánh Hoà đầu tư. Đến thời điểm hiện tại, khu công nghiệp Phú Bài có 35 dự án đầu tư với tổng nguồn vốn 33.000 tỷ đồng, trong đó có các cơ sở đi vào hoạt động với nhiều ngành nghề khác nhau như chế biến vật liệu xây dựng, chế biến gỗ, sản xuất sợi, gốm sứ, khoáng sản, giúp giải quyết việc làm cho gần 3.200 lao động trực tiếp và hàng ngàn lao động gián tiếp khác quanh vùng. Riêng tháng 7/2010, các cơ sở sản xuất đạt doanh thu 388 tỷ 109 triệu đồng, tăng 50% so với tháng 6/2010. Trong đó, giá trị xuất khẩu đạt 12,3 triệu USD, tăng 46%; nộp ngân sách đạt 45 tỷ 425 triệu đồng, tăng 93% so với tháng 6/2010.../.