Đánh giá và đề xuất quản lý rủi ro ô nhiễm từ KCN TP. Hồ Chí Minh đối với nguồn nước là một dự án được các nhà khoa học TP. Hồ Chí Minh thực hiện từ tháng 9-2008. Tại buổi báo cáo ngày 17-8-2010, Tiến sĩ Nguyễn Thị Vân Hà- Chủ nhiệm nhóm nghiên cứu cho biết với tổng lượng nước thải tại các KCN thành phố trên 33.200m3/ngày, ước tính có khoảng 2,6 tấn COD, 699kg kim loaị nặng và các thành phần khác thải vào nguồn nước mỗi ngày. Công nghệ xử lý nước thải hiện đại chỉ có ở KCN Linh Trung 1, Linh Trung 2 và Tân Thới Hiệp tuy nhiên đầu ra của nước thải vẫn chưa đạt. Còn tại các KCN Lê Minh Xuân, Tân Tạo, Tân Bình... nhiều doanh nghiệp chưa đấu nối vào mạng thu gom nước thải của KCN. Qua kết quả khảo sát nước thải KCN- KCX thì các chỉ tiêu TSS (tổng rắn lơ lửng), tổng Coliform, COD, Cd luôn không đạt chuẩn cho phép.

Tổng trữ lượng nước của TP.Hồ Chí Minh bao gồm nước mặt, nước mưa và nước ngầm khoảng 13,1 triệu mét khối, hiện có khoảng 14,3% nước mặt và 46% nước ngầm được khai thác mỗi ngày. Tỷ lệ khai thác nước ngầm cho công nghiệp; nước cấp; hộ cá nhân hiện là 3:1:1, điều này có nghĩa nguồn nước ngầm hiện nay của thành phố được khai thác chủ yếu phục vụ cho công nghiệp. Theo Tiến sĩ Nguyễn Thị Vân Hà tuy chưa có đủ cơ sở khoa học nhưng đã có biểu hiện mực nước ngầm bị ảnh hưởng ở KCN Lê Minh Xuân và Tân Tạo và hiện chỉ có KCN Cát Lái và KCX Tân Thuận là không khai thác nước ngầm.

Nhóm nghiên cứu kiến nghị áp dụng đánh giá độc tính sinh học nước thải cho tất cả các KCN, KCX, bổ sung tính toán thu phí nước thải trong KCN, KCX đối với các trường hợp doanh nghiệp xả nước thải có nồng độ COD>400mg/l thì phải tiến hành kiểm tra độc tính nước thải và thu phí vượt tải. Kết quả thử nghiệm độc tính nước thải này ngoài việc định phí nước thải cần được áp dụng để thu phí bảo vệ môi trường. Đồng thời kiến nghị các bộ ngành ban hành quy định triển khai áp dụng về thuế tài nguyên nước đặc biệt đối với công nghiệp, hạn chế khai thác nước ngầm ở KCN, KCX, cưỡng chế sử dụng các nguồn nước bổ sung như nước mưa, nước sau xử lý.