Luật Thuế BVMT còn quy định, ngoài 8 nhóm hàng hóa nêu trên, trong bối cảnh phát triển kinh tế - xã hội nếu phát sinh thêm hàng hóa khi sử dụng gây ô nhiễm cần phải thu thuế để hạn chế sản xuất, kinh doanh và sử dụng, Chính phủ trình Ủy ban thường vụ Quốc hội xem xét bổ sung thêm đối tượng chịu thuế mà không cần phải sửa luật.
Theo Nghị định 67/2011/NĐ-CP ngày 8/8/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế BVMT thì xăng, dầu, mỡ nhờn thuộc diện chịu thuế là loại gốc hóa thạch, đối với nhiên liệu hỗn hợp chỉ thu thuế BVMT phần nhiên liệu (xăng, dầu, mỡ nhờn) gốc hóa thạch; HCFC chịu thuế là loại gas dùng làm môi chất sử dụng trong thiết bị lạnh và trong công nghiệp bán dẫn; túi ni lông thuộc diện chịu thuế là loại túi bao bì nhựa mỏng làm từ màng nhựa đơn HDPE, LDPE, hoặc LLDPE (trừ bao bì đóng gói sẵn hàng hóa và túi ni lông đáp ứng tiêu chí thân thiện với môi trường theo qui định của Bộ Tài nguyên Môi trường); thuốc diệt cỏ, thuốc trừ mối, thuốc khử trùng kho thuộc loại hạn chế sử dụng quy định chi tiết tại Nghị quyết 1269/2011/UBTVQH ngày 14/7/2011 của Ủy ban thường vụ Quốc hội về biểu thuế BVMT.
Thuế BVMT nhằm vào hàng hóa thuộc diện chịu thuế, người tiêu dùng những loại hàng hóa đó là người phải đóng thuế. Tuy nhiên, để đảm bảo tính khả thi, giảm chi phí hành thu Luật Thuế BVMT quy định tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất, nhập khẩu hàng hóa thuộc diện chịu thuế là người nộp thuế. Trong trường hợp ủy thác nhập khẩu thì người nhận ủy thác là người nộp thuế; trường hợp tổ chức, hộ gia đình, cá nhân làm đầu mối thu mua than khai thác nhỏ lẻ mà không xuất trình được chứng từ chứng minh hàng hóa đã được nộp thuế thì cá nhân, tổ chức, hộ gia đình làm đầu mối thu mua phải nộp thuế.
Thuế BVMT được tính dựa trên số lượng hàng hóa tính thuế nhân với mức thuế tuyệt đối trên một đơn vị hàng hóa. Theo đó, số lượng hàng hóa sản xuất trong nước thuộc diện tính thuế là số lượng sản xuất bán ra, trao đổi, tiêu dùng nội bộ, tặng, cho; hàng hóa nhập khẩu thuộc diện tính thuế chính là số lượng hàng hóa nhập khẩu. Mức thuế tuyệt đối áp dụng cho 8 nhóm hàng hóa chịu thuế BVMT theo biểu khung do Ủy ban thường vụ Quốc hội ban hành tại Nghị quyết 1269/2011/UBTVQH ngày 14/7/2011. Việc quy định mức thuế tuyệt đối là nhằm đơn giản hóa và minh bạch trong thực hiện, bảo đảm ổn định số thu ngân sách không phụ thuộc vào sự biến động của giá cả hàng hóa.
Đây là một sắc thuế mới, thế nên trong Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn vẫn chưa có các quy định cụ thể về công tác quản lý thuế BVMT. Để tránh phát sinh vướng mắc, Luật Thuế BVMT đã quy định thời điểm xác định tính thuế đối với hàng hóa sản xuất bán ra, trao đổi, tặng cho là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa; đối với hàng hóa tiêu dùng nội bộ thời điểm đưa hàng hóa vào sử dụng là thời điểm tính thuế; đối với hàng hóa nhập khẩu thời điểm tính thuế là khi đầu mối kinh doanh bán ra.
Thuế BVMT là một loại thuế gián thu nên việc hoàn thuế đối với người nộp thuế cũng được áp dụng tương tự như các sắc thuế gián thu khác. Tuy nhiên, để tránh vướng mắc phát sinh trong quá trình hoàn thuế, Luật Thuế BVMT quy định người nộp thuế được hoàn thuế đã nộp trong các trường hợp hàng hóa nhập khẩu còn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu và đang chịu sự giám sát của cơ quan hải quan; hàng hóa được tái xuất ra nước ngoài; hàng hóa nhập khẩu để giao, bán cho nước ngoài thông qua đại lý tại Việt Nam; xăng dầu bán cho phương tiện vận tải của hãng nước ngoài trên các tuyến đường qua cảng Việt Nam hoặc phương tiện vận tải của Việt Nam trên các tuyến đường vận tải quốc tế theo quy định của pháp luật; hàng hóa tạm nhập để tái xuất khẩu ra nước ngoài; hàng hóa tạm nhập khẩu để tham gia hội chợ, triển lãm, giới thiệu sản phẩm theo quy định của pháp luật khi tái xuất ra nước ngoài…