Các doanh nghiệp (DN) trong KCN đã đóng góp đáng kể vào ngân sách Nhà nước, vào sự phát triển công nghiệp và chuyển dịch cơ cấu kinh tế; tạo thêm việc làm cho người lao động, sản xuất nhiều hàng hóa tiêu dùng nội địa, sản phẩm xuất khẩu có tính cạnh tranh cao và thu hút một lượng lớn vốn đầu tư cho phát triển công nghiệp nói riêng, phát triển kinh tế - xã hội nói chung. Nhưng, trên thực tế ở các KCN, KCX còn nhiều bất cập cần sớm được giải quyết...
Sau hơn 15 năm phát triển, tuy đạt được một số kết quả, nhưng hiệu quả hoạt động của các KCN không đều. Hành lang pháp lý cho sự phát triển các KCN còn bất cập. Việc phân cấp tổ chức quản lý giữa TƯ và địa phương còn chồng chéo. Hiện, có hai xu thế phát triển các KCN. Thứ nhất, cần tăng thu hút đầu tư trong nước và đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI) về mặt số lượng, bất kể vào lĩnh vực nào, quy mô bao nhiêu, miễn là đầu tư vào KCN. Thứ hai, cần tăng thu hút đầu tư trong nước, FDI về chất lượng theo một quy hoạch, thống nhất, các KCN phải có cơ cấu hợp lý phù hợp với khả năng, lợi thế của mình. Trên thực tế, xu hướng thứ nhất hiện nay là phổ biến, hầu như các KCN đều tập trung thu hút đầu tư vào địa bàn của mình bất kể ngành nào, sản xuất mặt hàng gì. Vì thế, đã dẫn đến tình trạng quy hoạch chưa khoa học, thiếu thực tế và tính liên kết. Việc quản lý và xử lý môi trường tại các KCN còn yếu. Nhiều KCN chưa có đầy đủ hệ thống xử lý môi trường nhưng đã vận hành, làm cho môi trường bị ô nhiễm. Ngoài ra, quyền lợi công nhân ở nơi đây chưa được quan tâm đúng mức, nên đã xảy ra đình công... Được biết, hầu như địa phương nào cũng có các KCN với chức năng như nhau, nhưng không tận dụng được lợi thế, thậm chí còn có sự cạnh tranh không lành mạnh của những nhà đầu tư. Có KCN thành lập cách đây 2-5 năm mà chưa có DN đến thuê như: KCN Sài Đồng A (Hà Nội), KCN Kim Hoa (Vĩnh Phúc)... Giá thuê đất trong KCN, KCX khá cao. Tại KCN Đài Tư mức thuê 150 USD/m2, thời hạn thuê đất tối đa 38 năm; KCN Sài Đồng B và Nam Thăng Long lần lượt là 125 USD/m2/41 năm và 100 USD/m2/44 năm. Cao nhất là giá thuê đất tại KCX Tân Thuận (TP Hồ Chí Minh): hơn 100 USD/m2/năm, tiếp đó là KCN Tân Bình: 70 USD/m2/năm. KCN Amata (Đồng Nai): 60-65 USD/m2/năm... Hiệu quả sử dụng đất chưa cao; chất lượng lao động chưa đạt yêu cầu (4-5% lao động có trình độ đại học, trên đại học; 4-5% kỹ thuật viên; 30% công nhân kỹ thuật qua đào tạo; còn lại là lao động giản đơn)...
Theo qui hoạch phát triển từ nay đến năm 2015, dự kiến cả nước thành lập mới hơn 100 KCN, tổng diện tích khoảng 26.000ha đất. Tuy nhiên, số lượng này cũng khó đáp ứng đủ nhu cầu của các DN, nhất là DN vừa và nhỏ. Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho biết, từ nay đến năm 2015 phấn đấu đạt tỷ lệ lấp đầy các KCN bình quân cả nước hơn 60% diện tích; thu hút thêm 6.500-6.800 dự án trong, ngoài nước; tổng số vốn khoảng 36-39 tỷ USD (thực hiện đạt khoảng 50%). Đến năm 2020 sẽ cơ bản hoàn thiện mạng lưới KCN trên cả nước, với diện tích 60.000-80.000ha.
Để thực hiện có hiệu quả mục tiêu trên, cần kết hợp đồng bộ quy hoạch với quá trình đô thị hóa, tránh tạo ra sự quá tải về kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội. Hoàn thiện chính sách có liên quan, trên cơ sở chuyển từ quản lý hành chính sang dịch vụ theo cơ chế "một cửa" và bảo đảm quản lý thống nhất từ TƯ đến địa phương. Chính sách thuế, tài chính cũng cần linh hoạt (được biết, ở các nước, DN đầu tư vào KCN được bán hàng sản xuất vào thị trường nội địa, nhưng ở nước ta lại phải xuất khẩu 100%. DN nội địa đưa hàng vào KCN gia công khi nhận hàng ra phải đóng thuế như hàng nhập khẩu); cần bổ sung nguồn nhân lực đáp ứng về số lượng và chất lượng; đồng thời phải lấp đầy 60-70% diện tích mới cho phép triển khai các KCN tiếp theo... Sớm làm tốt những vấn đề nêu trên, KCN, KCX mới phát triển và đạt hiệu quả cao.