Tuy nhiên, để có cơ sở, Hội đồng Thẩm định cho rằng chủ đầu tư cần bóc tách các hạng mục, nêu rõ căn cứ chi phí xây dựng, đồng thời so sánh với các cảng hàng không trong khu vực và trên thế giới cũng như lý giải tính hợp lý dự án. Ngoài ra, dù báo cáo của chủ đầu tư cho thấy hệ số hoàn vốn nội bộ (IRR) của sân bay Long Thành rất cao (22,1%), cơ quan thẩm định vẫn yêu cầu làm rõ hơn hiệu quả kinh tế - xã hội của dự án

Vấn đề thứ hai mà Hội đồng yêu cầu làm rõ là tiến độ và phương án giải phóng mặt bằng. Trong đó, ACV cần nói rõ các giai đoạn, thời gian, diện tích... phải chuẩn xác các số liệu về nhu cầu và hiện trạng sử dụng đất của từng giai đoạn.

Cùng với đó, cơ quan này  cũngnhấn mạnh báo cáo đầu tư cần làm rõ phương án kết hợp khai thác giữa sân bay Long Thành và Tân Sơn Nhất trong từng giai đoạn để vừa đảm bảo đáp ứng nhu cầu vận tải hàng không đồng thời tránh lãng phí cơ sở vật chất hiện tại.

Về vấn đề này, ACV cùng JAC đưa ra năm kịch bản, trong đó, ưu tiên phương án Long Thành sẽ đảm nhận 80% quốc tế và 10% chuyến bay nội địa, còn lại Tân Sơn Nhất sẽ đảm nhận 90% bay quốc nội cùng 20% bay quốc tế. Theo ACV, việc phân chia công năng này vừa giúp sân bay Tân Sơn Nhất giữ được khả năng hoàn vốn, vừa giải quyết được bài toán giao thông tổng thể cho TP.HCM, lại vừa giảm thiểu suất đầu tư ban đầu cho Long Thành

Hội đồng Thẩm định cũng kiến nghị ACV làm rõ tính khả thi việc kết nối bằng đường bộ, đường sắt, đường thủy với sân bay, khả năng hút khách cũng như những hạn chế của Long Thành trong điều kiện các phi trường tương tự trong khu vực đã hoạt động ổn định, chuyên nghiệp từ lâu.

Dự kiến, ngay trong tháng 2/2014, Hội đồng thẩm định Nhà nước sẽ họp phiên thứ hai để nghe chủ đầu tư và tư vấn giải trình những nội dung nói trên rồi mới xem xét báo cáo Chính phủ trình Quốc hội về chủ trương đầu tư dự án này.