Tại Hội nghị, các thắc mắc của DN tập trung chủ yếu vào các vấn đề về thuế GTGT, chi hoàn thuế, hạch toán thuế, các thủ tục sau thông quan, thuế ưu đãi cho các máy sản xuất trong nông nghiệp…
Về lĩnh vực thuế, theo phản ánh từ Hiệp hội DN tỉnh Sóc Trăng, chính sách thuế khoán hiện nay còn chưa thực sự công bằng, có những đơn vị doanh thu lớn nhưng lại phải nộp thuế khoán ít khiến cho các hộ kinh doanh không muốn đăng ký lên DN. Ngoài ra, hoạt động bán hàng không xuất hóa đơn còn phổ biến. Điều này không chỉ làm thất thu ngân sách mà còn tạo ra sự bất bình đẳng trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Đại diện Công ty Cơ khí nông nghiệp cho biết, theo quy định, các thiết bị phụ tùng dùng cho các máy móc trực tiếp sản xuất trong nông nghiệp không phải chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, thực tế hoạt động cho thấy, có những máy móc phục vụ sản xuất nông nghiệp có số thiết bị phụ tùng lên tới hàng nghìn chi tiết. Những mặt hàng, chi tiết đã được định danh (không chịu thuế GTGT) so với các mặt hàng đang kinh doanh còn thiếu rất nhiều. Do đó, nhiều chi tiết, thiết bị vẫn phải chịu thuế GTGT.
Đối với lĩnh vực hải quan, theo phản ánh của ông Vương Nhật Bình, Tổng Giám đốc Công ty TNHH Cơ điện lạnh và Thương mại Hòa Bình - Thương hiệu Alaska, DN đã nhập khẩu mặt hàng cây nước nóng lạnh, áp mã trên 5 năm qua và không nhận được bất kỳ phản ánh nào của cơ quan hải quan địa phương và Tổng Cục Hải quan. Tuy nhiên, ngày 11/7 vừa qua, Cục Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) kiểm tra công ty về các hồ sơ, chứng từ liên quan đến việc khai báo và nhập khẩu mặt hàng này, sau đó phạt DN do vi phạm, áp sai mã hàng, tiến hành truy thu thuế, truy thu khoản nộp chậm và phạt hành chính số tiền lên tới hàng tỷ đồng.
Chia sẻ với các DN, ông Cao Anh Tuấn, Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Thuế ghi nhận những đóng góp tích cực của Hiệp hội DN tỉnh Sóc Trăng và đề nghị Cục thuế Sóc Trăng cũng như cục thuế các tỉnh lưu ý rà soát các trường hợp cụ thể để quản lý các đơn vị kinh doanh, bảo đảm kinh doanh bình đẳng.
Đối với các thiết bị, linh kiện máy móc sử dụng trong nông nghiệp nhưng vẫn bị tính thuế GTGT như DN nêu, ông Tuấn mong các DN tiếp tục góp ý để Tổng cục Thuế có thể phối hợp với các cơ quan liên quan, hoàn thiện, mở rộng hơn danh mục các linh kiện, thiết bị miễn thuế GTGT nhằm khuyến khích cho hoạt động sản xuất kinh doanh của DN.
Trả lời thắc mắc của DN, ông Vũ Ngọc Anh, Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan cho biết, KTSTQ trong thời hạn 5 năm được quy định trong Luật, DN phải lưu giữ hồ sơ, cơ quan hải quan có thẩm quyền kiểm tra. Trong quá trình kiểm tra nếu phát hiện vi phạm, sẽ truy thu và truy hoàn thuế theo quy định pháp luật.
Về việc thay đổi mã số, Bộ Tài chính đã hướng dẫn hàng hoá xuất nhập khẩu (XNK) có thay đổi mã số, có văn bản áp mã số thuế vẫn được chấp nhận áp mã theo văn bản cũ. Chính vì vậy, Tổng cục Hải quan sẽ chỉ đạo các cơ quan liên quan xem xét lại hồ sơ khiếu nại của Công ty TNHH Cơ điện lạnh và Thương mại Hòa Bình nhằm giải quyết thắc mắc của DN này.