Theo đó, để đáp ứng nhu cầu phát triển của TPHCM, cần khẩn trương thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng về phê duyệt quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển số 5 (khu vực TPHCM - tỉnh Đồng Nai - tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu), trong đó có nội dung di dời các cảng nội đô TPHCM.

Để thực hiện tốt việc di dời, Cảng Sài Gòn cần chủ động thực hiện các dự án thành phần, như Dự án xây dựng cảng mới tại khu Hiệp Phước; thực hiện tốt khâu giải phóng mặt bằng; chuẩn bị tốt nguồn lực để có thể triển khai sớm nhằm thực hiện tốt nhiệm vụ xuất nhập khẩu hàng hóa tổng hợp khu vực phía Nam, trong đó lưu ý phát triển dịch vụ hậu cần; dự án chuyển đổi công năng tại khu Nhà Rồng - Khánh Hội.

Về Dự án xây dựng cảng mới tại khu Hiệp Phước, Phó Thủ tướng giao UBND TPHCM chỉ đạo các cơ quan chức năng làm tốt công tác giải phóng mặt bằng, đồng thời quy hoạch đồng bộ hệ thống giao thông khu vực cảng nhằm đáp ứng tốt nhất hoạt động của Cảng, cũng như phù hợp với phát triển TP về lâu dài.

Theo kế hoạch Chính phủ đặt ra, trước năm 2010, các cảng gồm Tân cảng Sài Gòn, Nhà máy đóng tàu Ba Son, khu cảng Nhà Rồng và khu cảng Khánh Hội của Cảng Sài Gòn, Cảng Tân Thuận Đông, Cảng rau quả sẽ được di dời khỏi TPHCM.