Cũng theo Thứ trưởng Trần Doãn Thọ, thời gian tới hệ thống cảng biển Việt Nam sẽ đầu tư, phát triển thành 5 nhóm. Trong đó Đồng Nai, Tp. Hồ Chí Minh và Bà Rịa - Vũng Tàu sẽ nằm trong nhóm cảng biển Đông Nam Bộ. Mỗi nhóm cảng trên phù hợp với quy mô, điều kiện của từng địa phương. Dự báo, lượng hàng đến và đi trong nhóm cảng biển Đông Nam Bộ đến năm 2010 sẽ đạt xấp xỉ 115 triệu tấn, chiếm trên 50% lượng hàng qua cảng của cả nước. Riêng cảng biển ở Đồng Nai sẽ được coi là trung tâm đầu mối khu vực, với hai khu chức năng chính: khu cảng Phước An, Gò Dầu sẽ có qui mô đón tàu đến 60 ngàn tấn; khu Phú Hữu, Nhơn Trạch sẽ đón tàu trọng tải đến 30 ngàn tấn, đảm nhận vai trò địa phương và là vệ tinh cho cụm cảng Tp.Hồ Chí Minh.