Tuy nhiên, do ngày đầu mở cửa nên lượng khách đến tham quan, mua sắm hàng miễn thuế còn rất ít, đạt khoảng 10-15% so với thời điểm trước ngày 1/7/2009. Tại các siêu thị miễn thuế Thế kỷ vàng và khu thương mại Hiệp Thành, trước đây lượng khách đến mua sắm hàng miễn thuế chiếm 80% toàn khu, nhưng ngày đầu mở cửa chỉ có khoảng 15% khách đến tham quan, mua sắm.

Sau khi tiếp nhận Quyết định số 93/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ cho phép các khu kinh tế cửa khẩu được tiếp tục bán hàng miễn thuế đến năm 2012, chiều 10/7, Ban Quản lý Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài đã có cuộc họp khẩn với các ngành hải quan, biên phòng và các nhà đầu tư cấp một đồng thời đưa ra quy chế tạm thời mua bán hàng trong khu bảo thuế như phân bổ hạn ngạch nhập khẩu mặt hàng rượu, bia.

Theo đó, năm 2009 mỗi doanh nghiệp tại đây chỉ được nhập mặt hàng rượu, bia trị giá 18 triệu USD (năm 2008 là 41,5 triệu/doanh nghiệp); khách nội địa chỉ được mua miễn thuế 1 chai rượu, 1 thùng bia/lần và một tuần chỉ được mua một lần hàng miễn thuế trị giá 500.000 đồng. Khách Campuchia cũng chỉ được mua 2 chai rượu, 2 thùng bia/người/ngày; nếu mua số lượng nhiều phải có hợp đồng kinh doanh thương mại và thanh toán tiền qua ngân hàng. Theo Ban Quản lý khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài, các biện pháp trên nhằm ngăn chặn tình trạng lợi dụng chính sách miễn thuế để thu gom hàng, đưa ra ngoài kinh doanh bất hợp pháp.