Viện Nghiên cứu phát triển thành phố được giao nghiên cứu làm rõ mối quan hệ giữa công trình ngầm và các công trình trên mặt đất (kể cả công trình trên cao), quan hệ đến các vấn đề về biến đổi khí hậu (mặt nước biển dâng cao, hiệu ứng nhà kính, khí thải, năng lượng công trình xây dựng…). Viện Nghiên cứu phát triển thành phố chủ trì, phối hợp xây dựng đề án thành lập trung tâm Quản lý xây dựng ngầm đô thị và cuối năm 2009 trình thành phố thông qua.

Theo yêu cầu, trung tâm này sẽ làm đầu mối quản lý thông tin cung cấp thông tin về các công trình ngầm; đồng thời, theo dõi, kiểm tra, giám sát quá trình thực hiện để tham mưu kịp thời cho thành phố quản lý, điều hành chung công trình trình trên địa bàn thành phố.

Trong việc quản lý chất lượng thiết kế, thi công các công trình ngầm, thành phố yêu cầu sở Xây dựng cùng với viện Nghiên cứu phát triển thành phố, sở Kế hoạch đầu tư nghiên cứu, xem xét cấp giấy phép đăng ký kinh doanh hành nghề tư vấn, thi công trong những lĩnh vực này. Nhưng các cơ quan quản lý cần kiểm tra, kiểm soát chặt quá trình hoạt động của các cá nhân, đơn vị này để kịp thời xử lý các đơn vị tư vấn không đạt và xây dựng quy định chế tài.

Ngoài ra, thành phố cũng yêu cầu sở Tài nguyên môi trường khảo sát, báo cáo số lượng giếng khoan có phép, trái phép thành phố; đồng thời phải làm rõ các biện pháp xử lý, lộ trình ngưng không cho phép khai thác nguồn nước ngầm tại các khu vực nội thành và khu vực đã có nguồn nước máy.