Việc lấn chiếm kênh rạch không chỉ làm hạn chế khả năng thoát nước mà còn gây ra tình trạng ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Đặc biệt theo UBND quận Bình Thạnh, hiện có khoảng 50% người dân sống ven sông rạch có thói quen vứt rác, chất thải xuống sông rạch. Khoảng 1.700 cơ sở sản xuất hoạt động phần lớn chưa có hệ thống xử lý nước thải cục bộ, xả nước thải trực tiếp ra sông rạch làm nguồn nước thêm ô nhiễm.

Ngoài ra hiện trên địa bàn quận Bình Thạnh còn bốn cơ sở gây ô nhiễm phải di dời nhưng đến nay vẫn hoạt động, đáng chú ý là Xí nghiệp giết mổ Nam Phong (344 Nơ Trang Long, P.13) chưa xử lý đảm bảo về mặt môi trường nhưng lại nằm trong khu dân cư.