Ban Quản lý là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Kon Tum, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Kon Tum; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong các khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh.

Kinh phí hoạt động hành chính nhà nước, kinh phí hoạt động sự nghiệp của Ban Quản lý do ngân sách nhà nước cấp. Đồng thời, Ban quản lý cũng là đầu kế hoạch ngân sách của tỉnh Kon Tum, được cân đối riêng vốn đầu tư phát triển từ nguồn ngân sách trung ương.

Về cơ cấu tổ chức, Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Các tổ chức hành chính gồm: văn phòng, các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và đại diện Ban Quản lý tại khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Kon Tum. Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc Ban sẽ được thành lập căn cứ theo yêu cầu, nhiệm vụ phát triển các khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trong từng giai đoạn cụ thể.