Kinh phí hoạt động của BQL-KKT tỉnh Kon Tum được sử dụng từ nguồn  ngân sách nhà nước. Chức năng của BQL-KKT là quản lý trực tiếp các khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Kon Tum; quản lý và  cung ứng dịch vụ hành chính công và các dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho các nhà đầu tư trong các KCN, KKT cửa khẩu trên địa bàn.

Về cơ cấu tổ chức, BQL-KKT có 1 Trưởng ban và các Phó trưởng ban. Ngoài ra còn có các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, cơ quan đại diện BQL-KKT tại khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Kon Tum.