Dự án khu CNXLR có tổng diện tích 1.760 héc-ta, do Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình thuộc Sở Tài nguyên - Môi trường TPHCM làm chủ đầu tư. Bắt đầu triển khai từ năm 2003, đến nay chủ đầu tư đã rót vào dự án hơn 195,2 tỷ đồng, trong đó chỉ riêng tiền bồi thường đã hơn 190 tỷ đồng.

Có đủ cơ sở để kết luận: xuất phát từ việc buông lỏng quản lý, thiếu trách nhiệm, lợi dụng chức quyền của nhiều cán bộ dẫn đến hành vi giao cấp đất trái thẩm quyền, sai quy hoạch, không đúng đối tượng, vượt hạn mức; cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất sai quy định... Đây là những nguyên nhân chủ yếu dẫn đến thất thoát  trong quá trình đền bù với số tiền lên đến 45,54 tỷ đồng.

Ngoài trách nhiệm chính để xảy ra thất thoát số tiền đặc biệt lớn là Hội đồng đền bù giải phóng mặt bằng cùng các phòng ban chức năng huyện Thủ Thừa, Trung tâm dịch vụ tư vấn nhà đất Long An, nhiều đơn vị liên đới trách nhiệm như: Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình thuộc Sở Tài nguyên - Môi trường TPHCM là chủ đầu tư dự án, Sở Tài nguyên - Môi trường và Sở Tài chính tỉnh Long An...

 Những sai phạm mà đoàn thanh tra chỉ ra khá giống với kết quả xác minh, điều tra bước đầu của cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an vào đầu năm 2009. Sai phạm của nhiều đơn vị, cá nhân dẫn đến hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, không thể khắc phục, tạo dư luận xấu, làm ảnh hưởng đến uy tín của chính quyền  sở tại. Một số cán bộ có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự  với hành vi thiếu trách nhiệm, cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ...

Đã có một số cán bộ sai phạm liên quan đến dự án bị xử lý như: Bí thư Huyện ủy Thủ Thừa Phạm Văn Minh, chủ tịch UBND huyện Thủ Thừa Lê Anh Thúy và chủ tịch UBND xã Tân Thành Lê Văn Bằng, bị kỷ luật với hình thức khiển trách; nguyên chủ tịch UBND huyện Thủ Thừa Bùi Đức Sở bị cảnh cáo; nguyên Trưởng phòng Nông nghiệp - Địa chính huyện Thủ Thừa Nguyễn Văn Chửng bị cách chức, khai trừ đảng...

Hình thức kỷ luật một số cán bộ sai phạm quá nhẹ khiến dư luận tại tỉnh Long An bất bình. Tuy nhiên, mới đây chủ tịch UBND tỉnh Long an Dương Quốc Xuân ký văn bản dài 12 trang gởi Tổng thanh tra Chính phủ khẳng định: “Đến nay, hầu hết những nội dung sai phạm theo kết luận thanh tra và chỉ đạo của Chủ tịch UBND tỉnh Long An đã được tổ chức thực hiện” (?!). Ông Xuân cho rằng sai phạm tại khu CNXLR chỉ “rút kinh nghiệm”, hoàn toàn không đề cập đến việc xử lý nghiêm theo pháp luật những cán bộ gây thất thoát 45,54 tỷ đồng.

Những sai phạm tại dự án Khu CNXLR Thủ Thừa sẽ được phản ánh cụ thể khi có kết luận chính thức của Thanh tra Chính phủ.