Công tác thu hồi đất phục vụ dự án còn nhiều bất cập đã khiến cho tiến độ thực hiện dự án kết cấu hạ tầng bị kéo dài, chi phí xây dựng vượt quá tổng dự toán khá nhiều. Theo đánh giá của Tổng hội Xây dựng Việt Nam, công tác đền bù, giải phóng mặt bằng là khâu thuộc giai đoạn chuẩn bị xây dựng như khâu thiết kế dự toán, là điều kiện để được phép tổ chức đấu thầu. Tuy nhiên, hiện nay do vướng mắc về đền bù giải phóng mặt bằng nên tất cả các dự án kết cấu hạ tầng đều bị chậm tiến độ hoặc ít hoặc nhiều, ảnh hưởng không tốt tới nền kinh tế quốc dân.

Tình trạng này có nhiều nguyên nhân, trong đó có nguyên nhân là thể chế thu hồi đất còn ba nhược điểm lớn. Đó là: Đối xử chưa công bằng giữa bên có đất bị thu hồi và bên đầu tư; chưa thật chặt chẽ về pháp lý nên dễ bị lạm dụng. Thiếu tính chuyên nghiệp trong việc thi hành. Các tranh chấp, khiếu kiện kéo dài về đền bù giải phóng mặt bằng và tái định cư đã gây ra nhiều thiệt hại cho chủ đầu tư, cho nhà thầu và cả cho người có đất bị thu hồi, từ đó làm giảm hiệu quả của dự án kết cấu hạ tầng khiến tăng chi phí.

TS Phạm Sĩ Liêm, Phó chủ tịch Tổng hội Xây dựng Việt Nam cho rằng, để hoàn thiện thể chế thu hồi đất, về quan điểm, cần xem người có đất là người đóng góp vào sự phát triển cũng như chủ đầu tư là người góp vốn. Vì vậy, họ không phải là bên bị thiệt hại, không những thế, cũng giống như chủ đầu tư, họ còn phải được hưởng lợi ích từ kết quả phát triển chứ không đơn thuần thu hồi vốn. Đối với dự án kết cấu hạ tầng, số người được hưởng lợi từ dự án rất đông chứ không riêng gì chủ dự án là Nhà nước, càng không nên để một số ít người bị thiệt hại. Quan điểm này không sợ làm cho dự án trở nên đắt đỏ nếu Nhà nước biết điều hành làm hạ mặt bằng giá đất xây dựng cả nước hiện đang quá cao một cách phi lý và biết cách làm cho đồng tiền chi ra để có đất đai quay vòng trở lại thành vốn phát triển sản xuất.

Về pháp lý, phải xác định mục đích thu hồi đất chỉ vì lợi ích công. Thu hồi đất phải kinh qua thủ tục pháp lý, hoặc thủ tục pháp lý kết hợp với thủ tục hành chính chứ không thể đơn thuần là thủ tục hành chính vì dễ bị lạm dụng như hiện nay. Việc này sẽ không gây phiền phức, tốn thời gian vì nếu bỏ công chuẩn bị tốt và thực hiện một cách chuyên nghiệp thì quá trình thu hồi đất sẽ ngắn gọn, suôn sẻ.

Về tổ chức thực hiện, cần sử dụng dịch vụ của các lực lượng chuyên nghiệp mà không nên giao cho công chức như hiện nay. Đối với dự án phát triển kết cấu hạ tầng, trước mắt nên thành lập một số doanh nghiệp Nhà nước có đủ luật gia, kỹ sư xây dựng, kỹ sư nông nghiệp, chuyên viên giá, chuyên viên địa chính và chuyên gia xã hội học để làm dịch vụ thu hồi đất. Trong tương lai, loại doanh nghiệp này có thể cổ phần hóa.

Cũng theo TS Phạm Sĩ Liêm, để hoàn thành thắng lợi Chiến lược phát triển 10 năm 2001-2010 và hội nhập quốc tế thành công, lĩnh vực kết cấu hạ tầng của Việt Nam phải được phát triển mạnh mẽ hơn nữa và đi trước một bước. Muốn vậy, cần nhanh chóng nâng cao trình độ quản lý đối với toàn bộ lĩnh vực kết cấu hạ tầng. Đồng thời tiếp tục đổi mới kịp thời thể chế và chính sách trong lĩnh vực quan trọng này, đặc biệt là khắc phục các nhược điểm đang tồn tại trong quá trình thu hồi đất phục vụ các dự án phát triển kết cấu hạ tầng.