Theo cơ quan điều tra, ngày 10/8/2005, Thủ tướng đã phê duyệt đề án điều chỉnh phát triển của Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy Việt Nam (nay là Tập đoàn Vinashin), giai đoạn 2005 - 2010, định hướng đến 2015. Trong đó nêu rõ, hoạt động của Vinashin theo hướng đa ngành, lấy đóng mới và sửa chữa tàu biển là ngành chính, phát triển các ngành nghề khác trên nguyên tắc hỗ trợ cho ngành đóng và sửa chữa tàu biển.

Tuy nhiên, trên thực tế, Vinashin đã phát triển không đúng với đề án, đầu tư tràn lan vào nhiều dự án, cố ý làm trái quy định của nhà nước, gây hậu quả nghiêm trọng.

Kết quả điều tra của cơ quan an ninh cho thấy, với những việc làm sai trái của Vinashin, ngân sách Nhà nước đã bị thiệt hại gần 907 tỷ đồng.

Ngoài việc xác định thiệt hại về tài chính, cơ quan điều tra cũng đề nghị truy tố 9 bị can có liên quan đến vụ án, gồm: Phạm Thanh Bình, nguyên Chủ tịch Hội đồng Quản trị Tập đoàn Vinashin; Trần Văn Liêm, nguyên Trưởng ban Kiểm soát Tập đoàn Vinashin; Nguyễn Văn Tuyên, nguyên Giám đốc Công ty Cổ phần Công nghiệp tàu thủy Hoàng Anh; Nguyễn Tuấn Dương, nguyên Chủ tịch Hội đồng Quản trị Công ty Cổ phần Đầu tư Cửu Long; Tô Nghiêm, nguyên Tổng giám đốc Công ty Cổ phần Đầu tư phát triển khu kinh tế Hải Hà; Trịnh Thị Hậu, nguyên Tổng giám đốc Công ty Tài chính TNHH một thành viên công nghiệp tàu thủy; Hoàng Gia Hiệp, nguyên Phó Tổng giám đốc Công ty Tài chính TNHH một thành viên công nghiệp tàu thủy; Trần Quang Vũ, nguyên Tổng giám đốc Tập đoàn Vinashin và Đỗ Đình Côn, nguyên Phó Tổng giám đốc Công ty Công nghiệp tàu thủy Hoàng Anh.

Cũng liên quan đến tội danh này, còn có hai bị can đang bỏ trốn, có quyết định truy nã quốc tế nên cơ quan an ninh điều tra tạm đình chỉ điều tra là Giang Kim Đạt, nguyên Trưởng phòng Kinh doanh, Công ty Vận tải viễn dương Vinashin và Hồ Ngọc Tùng, nguyên Tổng giám đốc Công ty Tài chính TNHH Một thành viên Công nghiệp tàu thủy.

Quá trình điều tra, Cơ quan an ninh cũng đã tách hành vi “cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” của các bị can để điều tra, xử lý tại giai đoạn 1 của vụ án này. Các sai phạm tập trung ở các dự án: mua tàu cao tốc Hoa Sen; đầu tư xây dựng nhà máy nhiệt điện Sông Hồng (tỉnh Nam Định); đầu tư xây dựng nhà máy điện diezel Cái Lân (tỉnh Quảng Ninh); bán vỏ tàu Bạch Đằng Giang và dự án tàu Bình Định Star. Liên quan đến sai phạm đối với vụ việc mua tàu cao tốc Hoa Sen, cơ quan an ninh xác định, đầu năm 2007, ông Phạm Thanh Bình được một công ty môi giới nước ngoài đặt vấn đề bán cho Vinashin tàu “Cartour” của Italia. Ông Bình đã ký công văn gửi Thủ tướng Chính phủ đề nghị cho Vinashin được đóng mới 6 tàu biển cao tốc chở khách. Ngày 12/4/2007, Văn phòng Chính phủ có công văn truyền đạt ý kiến của Thủ tướng, đồng ý cho Vinashin đóng mới tàu biển cao tốc chở khách, nhưng không đề cập đến việc mua tàu. Tuy nhiên, ông Bình đã không thông báo ý kiến trên của Thủ tướng đến các thành viên Hội đồng quản trị mà vẫn thực hiện việc mua tàu. Do vội vã, thiếu tính toán nên khi về Việt Nam, chiếc tàu mang tên Hoa Sen không phù hợp với hệ thống cảng tại Việt Nam. Chạy được thời gian ngắn, tàu Hoa Sen phải “nằm đắp chiếu” vì hoạt động không hiệu quả. “Phi vụ” này, ông Bình và các cộng sự đã gây thiệt hại gần 470 tỷ đồng.

Ngoài ra, cơ quan an ninh điều tra cũng xác định một số phi vụ làm ăn thua lỗ của Vinashin trong suốt một thời gian dài, trong đó phải kể đến dự án nhà máy nhiệt điện Sông Hồng với tổng số tiền thiệt hại cho Nhà nước là hơn 310 tỷ đồng. Một số dự án khác như: nhà máy nhiệt điện diezel Cái Lân, hoạt động được trong ba năm 2007 - 2009 và cho đến khi dừng hoạt động đã “kịp” gây thiệt hại hơn 60 tỷ đồng; dự án mua bán vỏ tàu Bạch Đằng Giang, thiệt hại hơn 27 tỷ đồng…