Theo đó, cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, hàng hóa người nước ngoài đề nghị hoàn thuế VAT tại các địa điểm sau: Đối với hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế chỉ có hàng hóa ký gửi, cơ quan hải quan thực hiện việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra hàng hóa tại quầy kiểm tra hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế, hàng hóa ngoài khu cách ly.

Đối với hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế chỉ có hàng hóa xách tay, cơ quan hải quan thực hiện việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, hàng hóa tại quầy kiểm tra hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế, hàng hóa trong khu cách ly.

Đối với hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế có cả hàng hóa ký gửi theo chuyến bay và hàng hoá xách tay, cơ quan hải quan thực hiện: kiểm tra hồ sơ thuế, hàng hóa ký gửi tại quầy kiểm tra ngoài khu cách ly và kiểm tra hàng hóa xách tay tại quầy kiểm tra trong khu cách ly.

Việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, hàng hóa tại quầy kiểm tra ngoài khu cách ly và giám sát hàng hóa ngoài khu cách ly được thực hiện 5 bước: kiểm tra hồ sơ hoàn thuế tại quầy kiểm tra ngoài khu cách ly; kiểm tra hàng hóa đề nghị hoàn thuế VAT; xử lý kết quả kiểm tra; trả hồ sơ hoàn thuế, hướng dẫn người nước ngoài thực hiện tiếp các thủ tục gửi hàng tính hoàn thuế; giám sát hàng hóa từ quầy kiểm tra ngoài khu cách ly của cơ quan hải quan đến quầy làm thủ tục hàng không để gửi hàng.

Thời điểm hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài xuất cảnh được thực hiện ngay sau khi người nước ngoài hoàn thành thủ tục kiểm tra hóa đơn kiêm tờ khai hoàn thuế và trước giờ lên tàu bay của chuyến bay người nước ngoài xuất cảnh tại sân bay quốc tế Nội Bài hoặc Tân Sơn Nhất.