Theo tin từ Văn phòng Chính phủ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Ban quản lý khu Kinh tế Vân Phong và các cơ quan liên quan cùng phối hợp xây dựng phương án.

Phó Thủ tướng Hoàng Trung Hải nêu rõ, Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam (chủ đầu tư dự án) tiếp tục chủ trì huy động vốn đầu tư, đồng thời tiến hành rà soát, tính toán nguồn vốn đầu tư để bảo đảm dự án khả thi.

Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam thực hiện quyền của cấp quyết định đầu tư cho các công việc tiếp theo trong quá trình thực hiện dự án.

Việc lựa chọn nhà thầu thực hiện các gói thầu của dự án, nhất là đối với gói thầu thi công 2 bến khởi động (gói 6b) phải bảo đảm chọn nhà thầu có kinh nghiệm, đủ năng lực theo quy định và phải lấy hiệu quả của dự án để làm tiêu chí.

Đầu năm 2008, lễ khởi công dự án cảng trung chuyển container quốc tế Vân Phong (được Bộ GTVT quy hoạch là cảng trung chuyển quốc tế duy nhất của VN, được cấp giấy chứng nhận đầu tư vào tháng 7/2007) đã bị đình hoãn do tập đoàn Posco (Hàn Quốc) và tỉnh Khánh Hòa đề nghị đầu tư một tổ hợp nhà máy thép quy mô lớn tại đây.

Theo đề xuất của Posco, tổng diện tích sử dụng đất của dự án thép là 903 ha (ban đầu là 969 ha, sau điều chỉnh giảm), bao gồm phần lớn diện tích cảng trung truyển container quốc tế Vân Phong (giai đoạn tiềm năng), khu dịch vụ hậu cảng và khu trung tâm đa chức năng (khu phi thuế quan) trong Khu kinh tế Vân Phong.

Đông đảo chuyên gia, nhà quản lý, nhà khoa học, trí thức có uy tín trong và ngoài nước cho đến người dân đã lên tiếng phản đối việc đặt tổ hợp thép - nhiệt điện khổng lồ tại vịnh Vân Phong vì quan ngại ô nhiễm môi trường, phá vỡ quy hoạch tổng thể.

 Ngày 31/10/2008, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đã chính thức lên tiếng từ chối dự án thép gần 10 tỷ USD này. Thủ tướng cho rằng, dự án nhà máy thép của Posco sẽ ảnh hưởng đến tiềm năng, định hướng phát triển trong tương lai của dự án Cảng trung chuyển container quốc tế Vân Phong theo quy hoạch đã được phê duyệt. Mặt khác, dự án nhà máy thép cũng không đảm bảo yêu cầu nghiêm ngặt về bảo vệ môi trường sinh thái biển tại khu vực này.