Theo đó, thủ tục hải quan điện tử được thực hiện theo đúng nghĩa tự động hóa, bởi khi đó các khâu tiếp nhận, kiểm tra, phân luồng tờ khai sẽ được thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan một cách tự động 24/7, thay vì chỉ trong giờ hành chính như trước kia.

Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử sẽ giảm tối đa sự can thiệp trực tiếp của công chức hải quan. Theo Tổng cục hải quan, với phương thức thủ tục hải quan điện tử đang triển khai hiện nay, ba khâu nghiệp vụ là kiểm tra, đăng ký tờ khai và phân luồng tờ khai được công chức Hải quan vẫn được thực hiện thủ công thông qua nghiệp vụ “kiểm tra sơ bộ”. Cách làm trên đã nảy sinh bất cập về tính minh bạch trong việc thực hiện thủ tục hành chính giữa cơ quan quản lý và người khai hải quan…

Hiện, thủ tục hải quan điện tử đã được thực hiện tại 21/34 Cục Hải quan tỉnh, thành phố. Lượng tờ khai thực hiện qua thủ tục hải quan điện tử khoảng 3,47 triệu tờ khai, chiếm 95,8% số tờ khai trên các địa bàn thực hiện thủ tục hải quan điện tử.