Theo ông Đặng Hữu Vị chi phí xây dựng dự án cao tốc Bến Lức - Long Thành cao do tuyến phải đi qua vùng địa chất, thủy văn rất phức tạp thuộc vùng ven biển, cửa sông ở khu vực Đông Nam bộ. Dự án đi qua khu vực Cần Giờ trên nền địa chất rất yếu. Tuyến đi qua vùng nhiều sông ngòi, vùng sình lầy nên phải xây dựng hơn 20 km cầu và cầu cạn.

Riêng từ Km 21+744 - Km 32+450 dài 10,7 km xây dựng 3 cầu lớn, trong đó đặc biệt có 2 cầu lớn có kết cấu dây văng là cầu Bình Khánh (qua sông Soài Rạp) dài 2,76 km nối huyện Nhà Bè và huyện Cần Giờ của TP.HCM, có khẩu độ nhịp chính dài 375 m, trụ chính cao 155 m.

Cầu Phước Khánh (qua sông Lòng Tàu) dài 3,18 km nối huyện Cần Giờ, TP.HCM với huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai, có khẩu độ nhịp chính dài 300 m, trụ chính cao 135 m; cả hai cầu có khổ tĩnh không thông thuyền cao 55 m nhằm đảm bảo cho các tàu biển lớn trọng tải trên 50.000 DWT qua lại. Hai cầu nói trên được thiết kế với quy mô tương tự cầu Cần Thơ.

Cũng vì phải qua vùng đất yếu, địa hình, địa chất phức tạp nên tuyến cao tốc có hơn 20 km cầu cạn, lại là cầu đôi và một phần dự án đi qua đường vành đai 3 của TP.HCM nên cần đến 6 nút giao (chi phí đầu tư mỗi nút giao khoảng từ 500 tỉ đồng đến cả nghìn tỉ đồng), hàng trăm cống hộp dân sinh, cống thoát nước cùng các công trình phụ trợ để đảm bảo quá trình vận hành khai thác như: trung tâm điều hành giao thông, trung tâm vận hành, bảo trì, trạm dịch vụ, trạm dừng xe, trạm thu phí… và hệ thống giao thông thông minh (ITS).

Ngoài ra, 47 km của dự án (đoạn tuyến Km 0+000 - Km 21+744 và 32+450 - 57+700) đi qua địa bàn TP.HCM và Đồng Nai thuộc khu đông dân cư nên chi phí giải phóng mặt bằng rất lớn và đi qua vùng địa chất phức tạp, phải xử lý nền đất yếu - cần xây dựng trên 9,3 km cầu và 37,7 km đường cao tốc 4 làn xe chạy.

Trong giai đoạn 1, cao tốc Bến Lức - Long Thành sẽ xây dựng theo tiêu chuẩn thiết kế gồm 4 làn xe tương đương tuyến TP.HCM - Trung Lương hay TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây.

Giai đoạn 2 sẽ mở rộng thêm vào thời điểm thích hợp, nhưng riêng khâu giải phóng mặt bằng đã làm luôn cho toàn dự án nên sẽ không tốn thêm kinh phí khi triển khai giai đoạn 2.